Có hai ý kiến trái ngược nhau về vấn đề này: ý kiến thứ nhất cho rằng hoàn toàn không nên bởi lý luận chỉ đạo, đặc tính và cách dùng hai loại thuốc là rất khác nhau, nếu dùng chung thì không thể kiểm soát được và dễ xảy ra những tai biến không mong muốn; ý kiến thứ hai cho rằng hoàn toàn nên, bởi phương thức dùng chung sẽ tạo nên tác dụng cộng hưởng và phát huy triệt để thế mạnh của từng loại thuốc.

Kỳ thực, cả hai quan niệm trên cũng không tránh khỏi tính chủ quan và phiến diện. Câu trả lời chính xác chỉ có thể dựa trên kết quả nghiên cứu một cách khoa học và nghiêm túc. Thực tế đã chứng minh rằng nếu sự phối hợp đó là hợp lý thì có thể nâng cao hiệu quả và mở rộng phạm vi điều trị, giảm bớt các tác dụng phụ của từng loại thuốc; nếu sự phối hợp đó không hợp lý thì chẳng những công hiệu của thuốc đó bị hạn chế mà có khi còn làm bệnh nặng hơn hoặc phát sinh tác dụng phụ, thậm chí còn đưa đến những tác hại nghiêm trọng.Cho đến nay, các nhà khoa học phát hiện khá nhiều tân dược và đông dược khi cùng dùng sẽ làm tăng hiệu quả điều trị, như:
- Kim ngân hoa phối hợp với Benzyl penicillin có tác dụng ức chế khả năng kháng penicillin của tụ cầu vàng.
- Các vị thuốc Đông y thuộc nhóm thanh nhiệt giải độc như Bồ công anh, Diếp cá, Lô căn, Thanh cao, Trúc diệp, Bản lam căn… phối hợp với penicillin G có tác dụng nâng cao hiệu quả trị liệu đối với các đợt bùng phát cấp tính cuả bệnh viêm phế quản mạn tính.
- Những Đông dược tính kiềm như Bằng sa, Ngoã băng tử khi dùng kết hợp với Oxacillin và Erytromycin có thể ngăn được sự phá huỷ của dịch vị, làm tăng khả năng hấp thu và hiệu lực kháng khuẩn của hai loại khágn sinh này.
- Griseofulvin là một kháng sinh chống nấm thường khó hấp thu và dễ gây ra các phản ứng bất lợi như buồn nôn, nôn, đi lỏng, đau đầu… Nếu phối hợp với Nhân trần có thể làm tăng độ hoà tan nâng cao hiệu lực sinh học và có thể giảm lượng dùng của griseofulvin từ 33 – 55%.
- Diphenhyramine (benadryl) phối hợp với Ma hoàng và clenbuterol phối hợp với Dương kim hoa (Cà độc dược) đều có tác dụng hiệp đồng nâng cao hiệu quả điều trị hen phế quản.
Mặt khác, không ít sự phối hợp giữa thuốc tây và thuốc ta còn có tác dụng mở rộng phạm vi ứng dụng của mỗi loại thuốc. Ví như aminazine khi phối hợp với bột Trân châu không những hiệu quả trị liệu được nâng cao rõ rệt mà có thể dùng được cho cả những bệnh nhân chức năng gan bị rối loạn, cho bột Trân châu có khả năng cải thiện hoạt động tế bào gan và dự phòng các thương tổn gây nên do aminazine.
- Phức hợp giữa Cúc hoa – eutonyl  trong chế phẩm “Dã lạc chiến” không chỉ có hiệu năng giảm áp ở người bị huyết áp cao mà còn được mở rộng dùng cho người bị di chứng liệt nửa người do rối loạn tuần hoàn não.
- Dịch tiêm Đan sâm và Sinh mạch tán (bài thuốc gồm ba vị: Nhân sâm, Mạch môn và Ngũ vị tử) phối hợp với hyoscyamine không những làm tăng nhịp tim ở người có hội chứng yếu nốt xoang (sick sinus sydrome –SSS) mà còn có tác dụng cải thiện tuần hoàn huyết dịch, cải thiện tình trạng thiếu máu cơ tim, giải quyết cả “ngọn” và “gốc” của vấn đề.

Một số dược liệu khi phối hợp với thuốc tây còn có khả năng giảm thiếu các tác dụng phụ không mong muốn.
- Streptomycin nếu dùng quá dài ngày thì có thể dẫn đến tình trạng giảm thính lực và chóng mặt do tổn thương hệ thống tiền đình. Khi dùng phối hợp với Cam thảo, các tác dụng phụ này sẽ được giảm thiểu bởi lẽ glycyrrhizic acid có trong thành phần của Cam thảo sẽ kết hợp với gốc kiềm tính của streptomycin để tạo nên streptomycin – glycyrrhizinate có độc tính thấp hơn nhưng năng lực kháng khuẩn vẫn được giữ nguyên.
- Cyclophosphamide là thuốc chữa ung thư nhưng thường có các phản ứng phụ ở đường tiêu hoá như nôn, buồn đi lỏng…
Khi dùng kết hợp với Bạch cập và Hải phiêu tiêu thì những rối loạn này được giảm đi một cách tích cực nhờ vào khả năng chỉ huyết, tiêu thũng và bảo vệ niêm mạc dạ dày, ruột của hai vị thuốc này.
- Thập toàn đại bổ thang là một bài thuốc cổ có tác dụng vừa bổ khí, vừa bổ huyết, khi dùng phối hợp với Rifamixin (thuốc chống lao) sẽ giảm thiểu chứng này do thuốc này gây nên đồng thời nâng cao hiệu lực chống lao của nó.
Tuy nhiên, các nghiên cứu thực nghiệm và lâm sàng cũng cho thấy: trong nhiều trường hợp, sự phối hợp giữa thuốc tây và thuốc ta đã đưa lại những kết quả bất lợi. Trước hết có thể làm giảm tác dụng trị liệu của thuốc thông qua việc ảnh hưởng đến quá trình hấp thu hoặc tương tác, làm biến đổi cấu trúc và hoạt tính dược lý. Ví như các vị thuốc Đông y có chứa nhiều i-on kim loại như Thạch cao, Hải phiêu tiêu, Thạch quyết minh, Hổ cốt, Long cốt, Mẫu lệ… (chứa nhiều Ca); Minh phàn (chứa nhiều Al); Đại giả thạch, Đồng tự nhiên (chứa nhiều Cu); Xích thạch chi, Hoạt thạch (chứa nhiều Mg và Cu)… không nên dùng cùng một số kháng sinh như Tetracycline, Rimifon… vì sẽ làm giảm hệ số hấp thụ, ảnh hưởng không tốt đến hiệu quả trị liệu.
- Các vị thuốc chứa nhiều tanin như Đại hoàng, Ngô thù du, Kim anh tử, Kha tử, Ngũ bột tử, Thạch lựu bì, Địa du, Biển súc và các chế phẩm đông dược như Lục vị địa hoàng hoàn hoàng, Hoè giác hoàn… không nên dùng hợp với một số kháng sinh như Chloromycetine, Erythromycine, Rifamtin, Griseofulvin, Nystatin, Lincomycin, Tetracycline và Vitamin B1 để tránh phản ứng giữa tanin và các tân dược này tạo nên các sản phẩm kết tủa làm giảm hiệu quả điều trị.
Các thuốc tây kiềm tính nhẹ như Amonophuylline, Gastropine, Sodium Bicarbonate, Aluminum hydroxide… không nên phối hợp với các vị thuốc Đông y vị chua như Sơn tra, Ô mai, Sơn thù, Ngũ vị tử… và các chế phẩm như Sơn tra hoàn, Bảo hoà hoàn… vì sẽ gây ra phản ứng trung hoà kiềm axit làm ảnh hưởng đến hiệu lực của thuốc.

Thêm nữa, một số thuốc tây và thuốc ta khi phối hợp với nhau có thể gây ra phản ứng độc hại. Ví dụ:
- Ma hoàng và các chế phẩm có Ma hoàng như Đại hoạt lạc đan, Nhân sâm tái tạo hoàn, Chỉ khái định suyễn hoàn… không nên phối hợp với các thuốc có tác dụng ức chế Monoamine Oxidase (MAO) như Furazolidone, Etronyl, Isocarbozazid, Methylhydrazine… vì dễ gây ra các phản ứng phụ nguy hiểm do các chất như Adrealline, Dopamine, Serotonin không bị phá huỷ, ứ đọng ở các mút thần kinh gây nên.
Các thuốc lợi tiểu như Lasix, Hypothiazit không nên dùng hợp với Cam thảo vì Glycyrrhizin và Glycyrrhetinic acid chứa trong Cam thảo sẽ ảnh hưởng trực tiếp tới thận cùng với các thuốc lợi tiểu dễ gây các phản ứng bất lợi do giảm kali máu quá mức...
Các vị thuốc có chứa Alkaloid như Ô đầu, Hoàng liên, Bối mẫu và các thành phần như Tiểu hoạt lạc đan, Hương liên hoàn… không nên hợp dùng với Atropine, Cafein và Aminophulline vì dễ gây ra các phản ứng do trúng độc.
Như vậy, có thể thấy tân dược cũng có thể dùng cùng với đông dược, thậm chí trong nhiều trường hợp là hết sức cần thiết, nhưng với điều kiện sự phối hợp đó phải hợp lý, có cơ sở khoa học rõ ràng và nghiêm túc, tuyệt đối không tuỳ tiện và liều lĩnh. Rất đáng tiếc là cho đến nay, ở nhiều cơ sở y tế chính danh, việc phối hợp dùng đông dược và tân dược vẫn mang nặng tính chủ quan và kinh nghiệm chủ nghĩa.